使用凝膠電泳如何可視化DNA
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凝膠電泳是一種允許在其組成分子水平上分析DNA的技術(shù)。在這種DNA可視化方法中,將樣品放置在瓊脂糖凝膠介質(zhì)上,并在凝膠上施加電場。這會導(dǎo)致DNA片段根據(jù)其電化學(xué)特性以不同的速率通過凝膠遷移。
溴化乙錠
對于這種可視化技術(shù),在電泳前將溴化乙錠與瓊脂糖粉,EDTA緩沖液和水混合以形成凝膠基質(zhì)。結(jié)果,溴化乙錠分子變得均勻地分散在整個基質(zhì)中。一旦凝膠的孔中充滿了各自的DNA樣品和跟蹤染料,就可以施加電壓以緩慢地在基質(zhì)上吸引大的極性化合物。
在此運動過程中,由于溴化乙錠電荷的作用,DNA分子的堿基暫時結(jié)合到了顆粒上,并將其拖動。到凝膠電泳完成時,每個DNA分子都吸收了大量的溴化乙錠。
在紫外光存在下,溴化乙錠顯示出熒光。技術(shù)人員會在凝膠上照射經(jīng)過特殊校準(zhǔn)的紫外線,而機器會捕獲發(fā)光碎片的圖像。
亞甲藍(lán)
如果沒有紫外線透射器或不實用,則技術(shù)人員可以通過將完成的瓊脂糖凝膠(其中帶有電泳的DNA)浸泡在亞甲基藍(lán)溶液中過夜,使DNA在正常條件下可見。
具有明顯疏水性的陰離子亞甲基藍(lán)分子的氯化物鹽會滲透整個凝膠基質(zhì)。但是,整個DNA中的氫鍵會導(dǎo)致染色分子積聚。DNA染色密度的增加會產(chǎn)生肉眼可見的深藍(lán)色陰影。
追蹤染料
除了DNA條帶的相對大小之外,技術(shù)人員還可以使用稱為跟蹤染料的化學(xué)物質(zhì)來測量每個片段的**對大?。ㄒ詨A基對為單位)。在不添加亞甲基藍(lán)或溴化乙錠的情況下可見,在電泳過程中,示蹤染料(如溴酚藍(lán)和二甲苯氰)在瓊脂糖凝膠基質(zhì)上移動的速度與分別由300個核苷酸和4,000個核苷酸組成的DNA片段相同。在電泳中,更大的DNA片段比較小的片段穿過凝膠基質(zhì)的速度要慢。因此,盡管示蹤染料不會直接影響DNA片段的可見性,但將DNA片段在凝膠中的位置與這些染料的位置進(jìn)行比較,可使技術(shù)人員“看到”該DNA片段所含核苷酸的大概數(shù)量。
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